พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว ทรงตระหนักถึงสภาพปัญหาการชะล้างพังทลายของดินและการสูญเสียหน้าดินที่อุดมสมบูรณ์ จึงทรงศึกษาถึงศักยภาพของ “หญ้าแฝก” ซึ่งเป็นพืชพื้นบ้านของไทย ที่มีคุณสมบัติพิเศษในการช่วยป้องกันการชะล้างพังทลายของหน้าดินและอนุรักษ์ความชุ่มชื้นใต้ดิน ซึ่งมีวิธีการปลูกแบบง่าย ๆ เกษตรกรสามารถดำเนินการได้เองโดยไม่ต้องให้การดูแลหลังการปลูกมากนัก ทั้งประหยัดค่าใช้จ่ายกว่าวิธีอื่น ๆ อีกด้วย จึงได้พระราชทานพระราชดำริให้ดำเนินการศึกษาทดลองเกี่ยวกับหญ้าแฝก

     หญ้าแฝก มีชื่อสามัญเป็นภาษาอังกฤษว่า Vetiver Grass มีด้วยกัน ๒ สายพันธุ์ คือ หญ้าแฝกดอน (Vetiveria nemoralis A. Camus) และหญ้าแฝกหอม (Vetiveria zizanioides Nash) เป็นพืชที่มีอายุได้หลายปี ขึ้นเป็นกอแน่น มีใบเป็นรูปขอบขนานแคบปลายสอบแหลม ยาว ๓๕-๘๐ ซม. มีส่วนกว้าง ๕-๙ มม. หญ้าแฝกจะมีการขยายพันธุ์ที่ได้ผลรวดเร็ว โดยการแตกหน่อ จากลำต้นใต้ดิน ในบางโอกาสสามารถแตกแขนงและรากออกในส่วนของก้านช่อดอกได้ เมื่อหญ้าแฝกโน้มลงดินทำให้มีการเจริญเติบโตเป็นกอหญ้าแฝกใหม่ได้
พระราชดำริของพระองค์ในการใช้ประโยชน์จากหญ้าแฝกเพื่อการอนุรักษ์ดินและน้ำ จะทำให้

     หลังจากที่พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว เสด็จฯ เยี่ยมราษฎรในเขตจังหวัดนราธิวาส เมื่อปี พ.ศ. ๒๕๒๔ ทรงพบว่า
ดินในพื้นที่พรุที่มีการชักน้ำออก เพื่อจะนำที่ดินมาใช้ทำการเกษตรนั้น แปรสภาพเป็นดินเปรี้ยวจัด ทำให้เพาะปลูกไม่ได้ผล จึงมีพระราชดำริให้ส่วนราชการต่าง ๆ พิจารณาหาแนวทางในการปรับปรุงพื้นที่พรุที่มีน้ำแช่ขังตลอดปีให้เกิดประโยชน์ในทางการเกษตรมากที่สุด และให้คำนึงถึงผลกระทบต่อระบบนิเวศน์ด้วย การแปรสภาพเป็นดินเปรี้ยวจัด เนื่องจากดินมีลักษณะเป็นเศษอินทรีย์วัตถุหรือซากพืชเน่าเปื่อย อยู่ข้างบนและมีระดับความลึก ๑-๒ เมตร เป็นดินเลนสีเทาปนน้ำเงิน ซึ่งมีสารประกอบกำมะถัน ที่เรียกว่า สารประกอบไพไรท์ (Pyrite : FeS๒) อยู่มาก ดังนั้น เมื่อดินแห้ง สารไพไรท์จะทำปฏิกิริยากับอากาศ ปลดปล่อยกรดกำมะถันออกมา ทำให้ดินแปรสภาพเป็นดินกรดจัดหรือเปรี้ยวจัด ศูนย์ศึกษาการพัฒนาพิกุลทองอันเนื่องมาจากพระราชดำริ จึงได้ดำเนินการสนองพระราชดำริโครงการ "แกล้งดิน" เพื่อศึกษาการเปลี่ยนแปลงความเป็นกรดของดิน เริ่มจากวิธีการ "แกล้งดินให้เปรี้ยว" คือทำให้ดินแห้งและเปียกสลับกันไป เพื่อเร่งปฏิกิริยาทางเคมีของดิน ซึ่งจะไปกระตุ้นให้สารไพไรท์ทำปฏิกิริยากับออกซิเจนในอากาศ ปลดปล่อยกรดกำมะถันออกมา ทำให้ดินเป็นกรดจัดจนถึงขั้น "แกล้งดินให้เปรี้ยวสุดขีด" จนกระทั่งถึงจุดที่พืชไม่สามารถเจริญงอกงามได้ จากนั้นจึงหาวิธีการปรับปรุงดินดังกล่าวให้สามารถปลูกพืชได้ วิธีการแก้ไขปัญหาดินเปรี้ยวจัดตามแนวพระราชดำริ คือควบคุมระดับน้ำใต้ดิน เพื่อป้องกันการเกิดกรดกำมะถัน จึงต้องควบคุมน้ำใต้ดินให้อยู่เหนือชั้นดินเลนที่มีสารไพไรท์อยู่ เพื่อมิให้สารไพไรท์ทำปฏิกิริยากับออกซิเจนหรือถูกออกซิไดซ์

     จากการทดลอง ทำให้พบว่า วิธีการปรับปรุงดินตามสภาพของดินและความเหมาะสม มีอยู่ ๓ วิธีการด้วยกัน คือ

     แนวพระราชดำริที่เกี่ยวกับการพัฒนาชนบทที่สำคัญ คือการที่ทรงมุ่งช่วยเหลือพัฒนาให้เกิดการพึ่งตนเองของคนในชนบท ทำให้กิจกรรมหรือโครงการตามแนวพระราชดำริที่ดำเนินการอยู่นั้น ต่างก็มีเป้าหมายสุดท้าย คือการพึ่งตนเองได้ของราษฎรในพื้นที่นั้นๆ โดยพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว ทรงดำเนินการสาธิตให้ประชาชนได้ดำเนินรอยตามเบื้องพระยุคลบาท ซึ่งเป็นไปตามหลักการพัฒนาชุมชนอย่างแท้จริง โดยหลักการของพระองค์ท่าน จะไม่ใช้วิธีสั่งการ หากแต่ทรงใช้หลักการมีส่วนร่วมของราษฎร โดยทรงเน้นให้พึ่งตนเองและช่วยเหลือตนเองได้เป็นสำคัญ นอกจากนี้ ยังทรงใช้หลักประชาธิปไตยในการดำเนินการ กล่าวคือ หากมีเจ้าหน้าที่ทักท้วงในทางวิชาการ พระองค์จะทรงรับฟังอย่างเป็นกลาง และพร้อมที่จะปรับเปลี่ยนโครงการให้เหมาะสมกับปัจจัยอื่นๆ อยู่เสมอ นอกจากนี้ ยังทรงยึดสภาพของท้องถิ่นเป็นหลักในการดำเนินการตามโครงการอันเนื่องมาจากพระราชดำริ ทั้งสภาพแวดล้อมทางภูมิศาสตร์ วัฒนธรรมและขนบธรรมเนียมประเพณี
ในการสร้างความเข้มแข็งให้กับชุมชนนั้น พระองค์จะทรงใช้วิธีการ “ระเบิดจากข้างใน” คือเตรียมชุมชนให้พร้อมที่จะติดต่อกับโลกภายนอกอย่างค่อยเป็นค่อยไป นอกจากนี้ยังทรงสนับสนุนให้มีการส่งเสริมความรู้ในด้านต่างๆ ที่ราษฎรสามารถรับได้ และนำไปปฏิบัติได้จริง

     และเพื่อให้การดำเนินการเป็นไปอย่างมีประสิทธิภาพ พระองค์ยังทรงปฏิรูประบบราชการเพื่อให้เกิดเอกภาพทางการบริหาร เป็นศูนย์ศึกษาการพัฒนาอันเนื่องมาจากพระราชดำริ ซึ่งจะทำหน้าที่รวบรวมประชาชนที่มีปัญหาเดือดร้อน ให้เกิดการรวมตัวกันเพื่อแก้ไขปัญหานั้นๆ ในทางปฏิบัติ โดยภาครัฐจะแก้ไขตามหลักวิชาการ พร้อมทั้งรวบรวมความต้องการพื้นฐานของราษฎร และนำกลับมาหาวิธีการพัฒนาเพื่อให้บรรลุเป้าหมายและวัตถุประสงค์ นอกจากนี้ยังทำหน้าที่เป็นสื่อกลางระหว่างภาครัฐและประชาชน ลดช่องว่างของความไม่เข้าใจกันให้ลดน้อยลง และเป็นแหล่งเสริมสร้างการเรียนรู้ของประชาชนกับศูนย์ราชการ ปัจจุบัน ศูนย์ศึกษาการพัฒนาอันเนื่องมาจากพระราชดำริ มีอยู่ ๖ ศูนย์ดังนี้